结合全馆的运营管理需要，云浮市博物馆馆内设四个职能部门，即综合部、陈列保管部、宣传教育部、后勤服务部。主要职能如下： 

　　综合部：负责议事决策服务、行政办公、运行动态及质量管理、组织机构及岗位设置管理、人员聘用及培训、人员薪酬核算及发放、人员绩效考核、员工关系及干部管理工作、馆资金计划、财务管理及分析、固定资产管理、采购及合同管理、内部审计管理、消防安全等工作，下设财务室。

　　宣传教育部:负责云浮市博物馆社会教育管理、展区服务管理、志愿者招募及管理、与社会教育有关的临展策划与实施；负责组织公众讲座、面向学校、社区等开展社会教育活动；负责观众调查与研究、受理观众投诉；负责博物馆研究与交流、宣传策划、文化传播、博物馆之友建设等工作。同时，建立讲解员考核机制，承担相关科学研究任务。

　　陈列保管部:负责组织各种专题展览的设计和陈列布展。承担藏品的征集、维护、修复和保管任务，负责藏品的使用、交流和资料汇集以及研究，负责展览策划、引进及巡回展等相关工作。

　　后勤服务部:负责云浮市博物馆对外开放安全保障工作，维护和使用技防、安防设备设施，执行安保管理、博物馆楼宇的维修保养，负责场馆、市政工程建设管理、物业管理、提供后勤及其他各项服务。